Fikih nusantara itu memang lebih dekat dengan mazhab Syafi'i karena penyebar Islam pertama kali ke Indonesia bermazhab Syafi'i. Ini bila merujuk pada teori bahwa pendakwah Islam tersebut adalah keturunan Rasulullah SAW yang nasabnya bermuara ke Imam al-Muhajir.
Sayid Alwi bin Thahir al-Haddad melalui kitabnya yang berjudul Jana Samarikh min Jawab Asilah fi at-Tarikh mengungkapkan, para ulama menegaskan Imam al-Muhajir bermazhab Suni dalam teologi dan menganut mazhab Syafi’i di bidang fikih. Ini seperti ditegaskan oleh Sayid Muhammad bin Ahmad al-Syatri, dalam kitabnya yang bertajuk Al-Adwar. Namun, Imam al-Muhajir tetap bersikap kritis dan tidak taklid buta terhadap mazhab Syafi'i.
Abdullah bin Nuh dalam kitab yang bertajuk Al-Imam al-Muhajir wa Ma Lahu wa Linaslihi wa lil aimmati min Aslafihi min al-Fadhail wa al-Maatsir mengatakan, salah satu alasan mengapa mazhab Syafi’i menjadi pilihannya karena kecintaan tokoh kelahiran Gaza tersebut kepada Ahlul Bait.
Keputusan untuk tetap berada di mazhab Syafi'i dengan disertai sikap kritis sebagai mujtahid, bertahan hingga keturunan berikutnya. Inilah mengapa Indonesia mayoritas penduduknya bermazhab Syafi'i.
GWJ Drewes dalam buku New Light on the Coming of Islam to Indonesia mengaitkan asal Islam di nusantara dengan wilayah Gujarat dan Malabar. Menurut pakar dari Universitas Leiden, Pijnapple, asal-muasal Islam di nusantara yaitu berasal dari Anak Benua India, bukannya Persia atau Arabia.
Menurut dia, orang-orang Arab bermazhab Syafi'i yang bermigrasi, datang, dan menetap di wilayah India tersebut. Kemudian, mereka membawa Islam ke nusantara.
Paham Ahlussunah waljamaah atau yang dikenal dengan Suni berkembang di Indonesia. Paham ini mengikuti pikiran-pikiran ulama ahli fikih (hukum Islam), hadis, tafsir, tauhid (teologi Islam), dan tasawuf dengan memilih satu dari empat imam pendiri mazhab, yaitu Imam Hanafi, Maliki, Syafi'i, dan Hanbali.
Zamakhsyari Dhofier dalam buku Tradisi Pesantren menuliskan, para kiai sebagai pelaku sejarah memahami bagaimana makna dan kandungan paham Ahlussunnah waljamaah. Mereka berhasil membimbing umat Islam Indonesia taat menganut paham Ahlussunnah waljamaah selama lebih dari 800 tahun.
Mereka mengetahui bagaimana mengembangkan paham tersebut. Agar umat Islam dapat dengan mudah mengikuti dan mengamalkan paham ini. Baik dalam kehidupan sehari-hari maupun dalam berbangsa dan bernegara di Indonesia. Mazhab Syafi'i mempunyai pengaruh besar terhadap umat Islam di Indonesia.