Saat itu, penulis buku La Tahzan ini sudah berada di dalam mobil di bagian depan sebelah kanan. Tak beberapa lama, mobil Al Qarni melaju perlahan.
Namun di tengah kerumunan yang mengantar kepergian Al Qarni, seorang pria bersenjata datang mendekat. Pria dengan pakaian abu-abu dan tas yang ditaruh di depan dada langsung mengarahkan tembakannya ke Qarni.
Pelaku kemudian bergerak ke bagian belakan kendaraan dan menembak diplomat Saudi. Gambar tersebut direkam oleh MENSAHTV.
Insiden penembakan Qarni terjadi di Kota Zamboanga, selatan Filipina. Qarni diketahui tertembak di bagian bahu sebelah kiri. Pelaku diketahui adalah Rugasan Misuari III, mahasiswa di Western Mindanao State University.